Aufgrund seiner relativen Stabilität und strategischen Lage in der Krisenregion am Horn von Afrika ist Dschibuti von überregionaler Bedeutung. Dieser wurde Deutschland mit der Eröffnung einer Botschaft im Jahr 2010 gerecht. Dschibuti unterhält seit Herbst 2011 eine seiner 23 Botschaften weltweit in Berlin. Bilaterale diplomatische Beziehungen existieren seit der Unabhängigkeit Dschibutis 1977 und sind freundschaftlich geprägt.

Die EU-Operation ATALANTA, zur Bekämpfung der Piraterie am Roten Meer, und ASPIDES, zum Schutz der Freiheit der Seewege, unterhalten Verbindungsbüros in Dschibuti. Im Rahmen von ASPIDES dient Dschibuti zudem seit Ende Februar 2024 den EU-Mitgliedsstaaten als Versorgungshafen. Im Zuge dessen hat die Bundesregierung die militärische Kooperation mit Dschibuti ausgebaut.

Dschibuti ist kein Partnerland der deutschen Entwicklungszusammenarbeit. Es profitiert von Regionalprojekten, die über die Regionalorganisation IGAD (Intergovernmental Authority on Development) und unter anderem von Deutschland finanziert werden. Deutschland unterstützt Geflüchtete aus Äthiopien, Eritrea und Somalia in Dschibuti mittels einer flexiblen regionalen Förderung des UNHCR. Mittel aus dem EU-Nothilfe Treuhandfonds für Afrika (EUTF) kommen neben den Geflüchteten in Dschibuti auch der lokalen Bevölkerung zugute.

Investitionspotential für deutsche Unternehmen bietet Dschibuti insbesondere in den Bereichen Transport, Logistik (Häfen), Erneuerbare Energien (Photovoltaik, Wind, Geothermie) und Digitalisierung. Ein besteht kein Investitionsförderungs- und -schutzvertrag zwischen Deutschland und Dschibuti.